18 мая 1937 года в г. Петрозаводске открылось первое внешкольное учреждение нашей Республики – Дворец пионеров. На базе Дворца пионеров стали открываться различные кружки. Тогда же был открыт шахматно-шашечный клуб, которым руководил Фёдор Фёдорович Машаров.

В 1972 году на базе Дворца пионеров был создан Отдел спорта, которым руководил Александр Николаевич Клееров. Отдел спорта курировал кружки по следующим видам спорта: хоккей, спортивное ориентирование, шахматы, художественная гимнастика. Кружковцы работали по программам спортивных школ, данные виды спорта активно развивались. А.Н. Клееров, руководитель Отдела спорта при Дворце пионеров, выступил с инициативой преобразования кружков по ОФП при Дворце пионеров в отдельную спортивную школу и обратился к Заместителю министра просвещения РСФСР Алексею Алексеевичу Угрюмову. Инициатива была поддержана Угрюмовым А.А. и 1 января 1981 года Приказом отдела народного образования Петрозаводского горисполкома № 66 от 25.12.1980 года была открыта Детско-юношеская спортивная школа № 7, где директором стал А.Н. Клееров, отличник народного образования, он входил в состав методического совета спортивных школ при Гороно.

С момента создания в школе работали тренеры по 4 видам спорта (хоккей, спортивное ориентирование, шахматы, художественная гимнастика, школа насчитывала примерно 1400 учащихся и 30 тренеров. Школа стала центром развития хоккея. Проводились крупные соревнования «Золотая шайба» (хоккей), «Белая ладья» (шахматы), ежегодный Всесоюзный матч Дворцов пионеров (спортивное ориентирование). В школе работал сильный и сплоченный тренерский коллектив, виды спорта активно развивались. К 1988 году возникла необходимость разделения школы.

          За годы существования школы наименование и нумерация учреждения менялись, и не раз. В конце января 1988 года в результате реорганизации спортивных школ города были созданы ДЮСШ № 7 и ДЮСШ № 2. ДЮСШ № 7 – отделения хоккея и футбола, директором стал Дмитрий Королев. ДЮСШ № 2 – отделения спортивного ориентирования и шахмат, директором стал А.Ш. Гойхенберг.

          8 июня 1995 года приказом городского управления образования № 339 на базе Детско-юношеской спортивной школы № 2 создана Центральная детско-юношеская спортивная школа (ЦДЮСШ). Постановлением Главы самоуправления г. Петрозаводска № 3814 от 10.10.1997 г. школе присвоен статус «Олимпийского резерва» (ЦСДЮСШОР).

          Постановлением Главы самоуправления г. Петрозаводска № 2767 от 29 октября 2004 г. Центральная специализированная детско-юношеская спортивная школа Олимпийского резерва (ЦСДЮСШОР) переименована в Муниципальное образовательное учреждение дополнительного образования детей «Центральная специализированная детско-юношеская спортивная школа Олимпийского резерва» (МОУ ДОД "ЦСДЮСШОР").

          На основании приказа МОУ ДОД «ЦСДЮСШОР» № 1-п/б от 10.01.2012 г. тип муниципального образовательного учреждения дополнительного образования детей «Центральная специализированная детско-юношеская спортивная школа Олимпийского резерва» с 01.01.2012 г. изменен на муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей Петрозаводского городского округа «Центральная специализированная детско-юношеская спортивная школа Олимпийского резерва».

          Постановлением Главы Администрации Петрозаводского городского округа от 15.06.2015 г. № 2970 муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования детей Петрозаводского городского округа «Центральная специализированная детско-юношеская спортивная школа Олимпийского резерва» (МОУ ДОД «ЦСДЮСШОР») с 10.09.2015 г. переименовано в муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования Петрозаводского городского округа «Центральная специализированная детско-юношеская спортивная школа Олимпийского резерва» (МОУ ДО «ЦСДЮСШОР»).

          Постановлением Главы Администрации Петрозаводского городского округа от 28.12.2017 г. № 4431 муниципальное бюджетное образовательное учреждение дополнительного образования Петрозаводского городского округа «Центральная специализированная детско-юношеская спортивная школа Олимпийского резерва» с 01.01.2018 г. переименовано в муниципальное бюджетное учреждение Петрозаводского городского округа «Спортивная школа Олимпийского резерва № 2» (МУ «СШОР № 2»).

          Постановлением Главы Администрации Петрозаводского городского округа от 24.01.2019 г. № 113 наименование муниципального бюджетного учреждения Петрозаводского городского округа «Спортивная школа Олимпийского резерва № 2» изменено на муниципальное бюджетное учреждение Петрозаводского городского округа «Спортивная школа № 2» (МУ «СШ № 2»).

          Постановлением №1582 от 27.04.2023г школе присвоено наименование Муниципального бюджетного учреждения дополнительного образования Петрозаводского городского округа "Спортивная школа № 2" (сокращённо МУ ДО "СШ № 2").

          В начале 2000-х в школе был создан отдел спортивно-массовой работы. Пропагандируя здоровый образ жизни, педагоги-организаторы этого отдела проводили физкультурные и спортивно-оздоровительные мероприятия на базе детских садов и общеобразовательных школ города вплоть до конца 2016 года.

          С 1999 года на протяжении многих лет в летний период школа активно участвовала в проведении летней оздоровительной кампании в загородном лагере «Старт», на базе которого ежегодно отдыхали и тренировались воспитанники спортивных школ города (организовывались профильные спортивно-оздоровительные смены); возможность отдохнуть имели дети, не являющиеся спортсменами. За 20 лет работы лагеря «Старт» в нем отдохнуло более 9000 детей.

          Школа развивается. С 2013 года в школе был введен новый вид спорта - го. С 2014 года - лыжные гонки. На сегодняшний день в школе развивается 6 видов спорта: спортивное ориентирование, лыжные гонки, шашки, шахматы, флорбол, функциональное многоборье; занимается около 600 спортсменов.